第二點就是參考文獻是具有穩固格式的，假使學生所設計的參考文獻的格式不正確，學術查重沒有辦法識別該部分為參考文獻的，則該參考文獻部分也會是會出現雷同。另一方面，為何學術查重檢測報告當中一些時期會將參考文獻標紅呢？
這有以下兩個事由，即第一個有可能畢業論文作者選用了不正規的的學術查重軟件對文章進行查重，而這些不正規的的學術查重軟件并不正規的的學術查重，故而沒有辦法識別參考文獻，引發參考文獻標紅；二是畢業論文的參考文獻格式不正確，引發學術查重軟件沒有辦法識別該部分參考文獻，進而將該參考文獻標紅，實際上，若該部分參考文獻格式正確就會學術查重識別，進而不可能攬入查重范疇以內。
綜上所述，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般來說只對畢業論文的概要部分、英語概要部分、內容部分及附錄部分進行查重，而參考文獻并不在學術查重范疇以內。
由此，畢業論文作者大可不必憂心因就要羅列非常多的參考文獻在畢業論文當中。但是，唯有合規的學術才可識別參考文獻，除此之外其有一個前置性情況就是參考文獻格式正確，這正是表示畢業論文作者絕對到學術不端網的“學術查重入口”等合規的學術查重網站進行查重，且要按照規定撰寫參考文獻，保障學術會識別。
