網絡論文檢查系統是中國最大最好的一個論文類似度檢查系統，但還是有一些不足，具體情況怎么樣？（1）網絡數據庫本身有限。現在國內有很多可以提供論文檢查的機構。我依靠這些檢查機構的比較數據庫。但是，數據庫本身有很大的限制。
網絡時代，很多學術論文有可能作為網絡上的論文發表。不能出現在學術網站和個人博客上，被收錄在數據庫里。雜志論文也不會被收錄在數據庫里。另外，數據庫的輸入比雜志發表論文的時間多延長2個月左右。因此，使用論文的檢測系統的話，會有一定的遺漏。另外，各檢查系統的比較數據庫不同，對于同一篇論文，也有可能出現相當大的測定結果。
（2）大學學位論文主要檢測文字重復部分，以文字完全一致或曖昧性來判斷，但無法理解其具體含義，也無法區分正常、合理的重復。另一方面，人文社會科的研究生與自然科學類相比，根據現有的文獻資料，很容易出現復制率高的問題。
好像是歷史學的論文。經常使用古代典籍的原文。這些內容是所有研究人員應該使用的內容，不能再修改。另一方面，文章的性質不同，重復率也不同。另外，例如總結性的文章，不能避免大段引用原理、古典事例的說明等。但是，檢查系統無法區分這些狀況，這些論文會引起重復率高的現象，給學生帶來無形的壓力和不必要的煩惱。（3）現行的知識網論文檢查系統只能處理文字，無法對公式、照片、圖表等進行判斷。少數別有用心的學生將復制文字的內容轉換成照片、表格等格式，以惡意回避系統。
以上的不僅是網絡論文的檢查系統，其他的檢查系統也存在類似的問題，例如，網頁論文的檢查系統、paperpass論文的檢查重量等。
