論文抽查主要檢查的內容包括論文選題、邏輯、研究方案和計劃、開題報告、學術規范等。
對此，《辦法》強調，本科畢業論文抽檢重點將對選題意義、寫作安排、邏輯構建、專業能力以及學術規范等進行“合格性”考察。. 教育部相關負責人特別強調，博士碩士學位論文抽檢重點考察研究生創新性和科研能力，本科畢業論文抽檢則重點考察本科生基本學術規范和基本學術素養。. 如今，查重率已無法作為單一標準來劃定本科畢業論文的合格與否，《辦法》要求，省級教育行政部門利用抽檢信息平臺對抽檢論文進行學術不端行為檢測，結果供專家評審參考，同時還要采取隨機匹配方式組織同行專家對抽檢論文進行評議，提出評議意見。. 此外，本科畢業論文抽檢還將分為初評和復評兩個環節。.
“論文抽樣調查”是指教育部為杜絕抄襲、代寫等學術不端現象，在上一學年度以隨機抽取方式復審授予學士學位的論文。 所抽查的論文應包括本地區所有本科層次普通高校及其本科專業，原則上抽查所占比例不低于2％。
