但是學術查重并不可以鑒別所有的參考文獻，唯有相符合格式的參考文獻才會被學術鑒別起來，這也就就意味著唯有參考文獻的格式正規且準確的時期，學術才可將該部分參考文獻排除出查重范疇。故而所以學術查重不包括格式準確的參考文獻。但近期出現好多高等院校應屆畢業生的畢業論文參考文獻標紅的狀態，這主要有兩類理由，首先是這些學妹的畢業論文參考文獻的格式不精準，格式不精準的畢業論文參考文獻，學術畢業論文系統是不能夠鑒別的，只能夠作為畢業論文正文來查重，還有一個理由是這些高等院校應屆畢業生采用的學術畢業論文系統并無合規的，唯有合規的學術畢業論文系統是有畢業論文格式鑒別作用的，出現畢業論文參考文獻標紅的高等院校應屆畢業生要保證我自己的畢業論文格式是不是準確，采用的學術畢業論文系統是不是合規。
綜上所述，學術查重時參考文獻通常一般是不參與的，如果參考文獻出現雷同部分，則敘述可能采用的查重軟件并無合規有效果的學術查重，這準情況一定在市面上找諸如”這種靠譜的學術查重店鋪來畢業論文查重，若參考文獻依然出現雷同，則敘述參考文獻的格式可以錯誤，學術查重無法自動識別該部分為參考文獻部分，最后的，祝大家都有機會輕松碩博。
