針對學術不端問題，課題組的建議之一是，在對腐敗問題保持高壓態勢的背景下，學術界對于自身的不正之風和腐敗問題，也要敢于“亮劍”，以“零容忍”態度查處各類學術不端問題。 反腐敗研究專家也建議，治理學術不端現象，應在相關國家法律中寫入關于學術不端問題的條文，明確學術不端行為的認定標準和懲處辦法。
研究重點不突出。 即論文論述沒有突出研究重點，缺乏問題意識，研究問題不明確，對論文觀點缺乏提煉等。 專家評語如“缺乏嚴密的邏輯推導。 （法學）”“論證單薄，論文許多部分論證不到位，淺談輒止。 （教育學）”“論文的主要內容缺少合理的理論框架，顯得較混亂。 （歷史學）”“文章在內容和結構上嚴重地偏離了自己的主題。 （文學）” 研究方法單一或不恰當。 即由于論文選用研究方法較少，實驗設計不科學，未使用該論題學科領域的研究方法和分析手段等原因，沒有運用正確的方法對研究對象進行客觀研究，體現不出作者的專業水平和研究能力，從而影響結論的有效性和可靠性。 數據不夠真實有效。 即論文所運用的數據資料的可靠性和真實性不足；數據選取不科學，甚至選取錯誤。 樣本選取的科學性不足。
作者的學術態度和學術行為的不端正，也是此次論文抽檢發現的較為嚴重的問題，有7%的專家評語明確提到了“學術態度不端正”或“學風不嚴謹”。 而從“不合格論文”出現的本質原因而言，都可以歸結為作者學術態度的不端正和學風的不嚴謹。 而學術態度和學術行為，是決定研究和論文質量最根本的因素。 工作量不足，即論文在撰寫過程中，作者沒有付出必要的時間和精力去完成論文的研究和撰寫工作，而是倉促寫成，敷衍了事。 存在抄襲現象，即抄襲他人的研究成果或直接照搬相關的文獻資料。 值得一提的是，在“不合格論文”中，有部分論文是被專家直接判定為“完全不符合要求”的論文，即無論是從選題還是研究方法、論文的撰寫等方面，都不滿足碩士論文的基本要求，這些論文無一例外都是由作者學術態度和學術行為不端正所導致的。
