論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
參考文獻是為編撰論著而引用的有關文獻信息資源，主要包括圖書、連續出版物、電子文獻、學位論文、論文集、會議錄、科技報告、專利文獻等。. 參考文獻是研究生撰寫學術論文不可或缺的組成部分，從公開出版物到非公開出版物、從紙質文獻到電子文獻可謂無所不包，研究表明，博士、碩士已發表文章篇均參考文獻分別為11.96篇、6.56篇。. 同時，參考文獻使用不當也會造成過高的文字復制比。. 筆者使用中國學術“科技期刊學術不端文獻檢測系統（AMLC）”、“社科期刊學術不端文獻檢測系統（SMLC）”對某地方高校學報2012年度共6期219篇研究生獨撰或以第一作者來稿的文章進行文字復制比檢測，統計結果如表１所示。. 注：本表中，因碩、博士研究生投稿數量及其學科專業分布差異較大，故未分類統計。.
根據已有研究成果及經驗，一般的基礎研究、理論研究論文引用的參考文獻數量在10篇左右，綜述性論文引用的文獻數量可以多一些，技術性、實驗性論文引用文獻相對較少。 參考文獻的選擇，應該根據文章的需要來確定，以數量最少、質量最優、作用最佳、成果最新為基本原則。
