按照知網(wǎng)查重的算法，參考文獻格式不正確，知網(wǎng)是直接安排正文內(nèi)容查重，故會出現(xiàn)將參考文獻納入查重率中。 正確的參考文獻格式應是如此： 在論文中的引用處以右上標 (小四宋體)加方括號的方式表示，不得標注在各級標題之上。
而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內(nèi)容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷知網(wǎng)是否成功識別了參考文獻等無需查重的內(nèi)容。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了知網(wǎng)查重服務，并集成到研究生管理系統(tǒng)了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。
知網(wǎng)參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且知網(wǎng)檢測系統(tǒng)時，就算把全部的論文上傳上去，知網(wǎng)檢測查重系統(tǒng)也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。 因為知網(wǎng)查重系統(tǒng)的算法會將你的論文和數(shù)據(jù)庫中已收錄的論文進行對比，從而得出你論文中哪些部分涉嫌抄襲。 所以整篇上傳，得出來的論文檢測結果才是最準確的。 二、知網(wǎng)參考文獻查重飄紅是怎么回事？ 不過有些人在用知網(wǎng)查重檢測時，卻發(fā)現(xiàn)自己的論文查重報告當中參考文獻、目錄或者甚至有些不查重的部分飄紅，出現(xiàn)我們通常所說的重復率，這又是怎么會事呢？ 出來這樣的原因可能有以下幾點：
